Les iles de Padar et Rinca possédaient le titre de réserve naturelle dès les années 1930. L'ile de Komodo les a rejoint en 1965. Le parc national est créé en 1980 pour protéger le dragon (Varanus komodoensis), et la "protection" étendue en 1984 à une vaste zone marine entourant les iles, ainsi qu'à une partie de la côte ouest de Flores.

Lamalera, un village isolé de la province de Nusa Tengdara Timur en Indonésie est un des derniers villages au monde à toujours pratiquer la chasse artisanale à la Baleine